آيت‌الله شهيد محمد صدوقي در سال 1327 هجري قمري در خانواده‌اي روحاني در يزد متولد شد. پدرش مرحوم آقا ميرزا ابوطالب، يكي از روحانيون معروف يزد و جد وي مرحوم آخوند ملا‌محمد‌مهدي كرمانشاهي بود كه در زمان فتحعلي‌شاه ‌قاجار از كرمانشاه به يزد تبعيد شده بود. وي پس از تحصيل مقدماتي علوم ديني در يزد و اصفهان‌ در سال 1349 قمري براي ادامه تحصيلات با خانواده به طرف قم رفت و در آنجا مورد توجه مرحوم شيخ عبدالكريم حائري يزدي موسس و مدير حوزه علميه قم قرار گرفت.در همان زمان با امام خميني آشنا شد و اين آشنايي، به رفاقت صميمانه‌اي انجاميد.

آيت‌الله شهيد محمد صدوقي در سال 1327 هجري قمري در خانواده‌اي روحاني در يزد متولد شد. پدرش مرحوم آقا ميرزا ابوطالب، يكي از روحانيون معروف يزد و جد وي مرحوم آخوند ملا‌محمد‌مهدي كرمانشاهي بود كه در زمان فتحعلي‌شاه ‌قاجار از كرمانشاه به يزد تبعيد شده بود.

وي پس از تحصيل مقدماتي علوم ديني در يزد و اصفهان‌ در سال 1349 قمري براي ادامه تحصيلات با خانواده به طرف قم رفت و در آنجا مورد توجه مرحوم شيخ عبدالكريم حائري يزدي موسس و مدير حوزه علميه قم قرار گرفت.در همان زمان با امام خميني آشنا شد و اين آشنايي، به رفاقت صميمانه‌اي انجاميد.

آيت‌الله صدوقي در سال 1330 شمسي به يزد بازگشت‌. با شروع نهضت امام‌خميني‌، شهيد صدوقي از ياران اصلي اين نهضت در يزد بود و در طول تبعيد امام خميني از مرتبطين با ايشان بود. وي پس از پيروزي انقلاب، به فرمان حضرت امام، به امامت جمعه يزد منصوب گرديد‌. ايشان در طول عمر با برکت خويش به اقدامات فرهنگي و عمراني فراواني دست زد که مي‏توان به تعمير 18 مسجد، تاسيس و تعمير 19 مدرسه علوم ديني، تاسيس سازمانهاي خيريه و بنياد صدوق قم به مساحت 220 هزار متر مربع و... اشاره نمود . شهيد صدوقي در آخرين نماز جمعه‌اش که مصادف با دهم ماه مبارک رمضان 1402 مطابق با يازدهم تيرماه 1361 بود، بعد از اداي فريضه جمعه‌، در حالي که جايگاه را ترک مي‌کرد، بدست منافقين به شهادت رسيد و اين همان معراجي بود که همواره آرزويش را داشت و بارها از خدا خواسته بود. در بخشي از پيام امام‌خميني(ره) به مناسبت شهادت اين شهيد محراب آمده بود: «‌اينجانب دوستى عزيز که بيش‌از سى سال با او آشنا و روحيات عظيمش را از نزديک درک کردم را از دست دادم، و اسلام خدمتگزارى متعهد را، و ايران فقيهى فداکار، و استان يزد سرپرستى دانشمند را از دست داد؛ و در ازاى آن به هدف نهايى که آمال اين شهيدان است نزديک شد. من به پيشگاه مقدس بقيه‌اللَّه‌الاعظم- روحى فداه- و ملت عزيز و اسلام عزيزتر تبريک و تسليت عرض مى‏کنم و از خداوند تعالى براى آن شهيد عظيم رحمت و مغفرت، و براى ملت بزرگ به ويژه يزد متعهد صبر و اجر، و براى خاندان محترم اين بزرگوار خصوصاً فرزند برومند عزيزش صبر جميل و اجر جزيل، خواهانم».

پس از شهادت آيت‌الله محمد صدوقي‌‌، آيت‌الله روح‌الله خاتمي پدر بزرگوار سيد‌محمد خاتمي امام جمعه يزد شد و از سال 1367 که آيت‌الله خاتمي درگذشت محمدعلي صدوقي فرزند شهيد صدوقي امام جمعه شهر يزد شد. وي که نماينده دوره‌هاي اول و سوم مجلس شوراي اسلامي و عضو مجمع روحانيون مبارز تهران هم بود، روز يازدهم تير ماه 1390 دقيقا در روز شهادت پدر در سن شصت و سه سالگي به علت نارسايي کبدي درگذشت. ياد و نامشان جاويدان باد.